Ілияс Жансүгіров атындағы Жетісу университетінде бүгінгі таңда 4 ғылыми мектеп бар. Ғылыми мектеп – бұл белгілі бір пәндегі беделді көшбасшының теориялары мен идеяларын ұстану негізінде қалыптасатын әртүрлі мәртебелер мен құзыреттіліктердегі ғалымдардың ғылыми қауымдастығы. Бұл белгілі бір ғылыми саладағы зерттеулердің жоғары деңгейімен, ғылыми беделімен, жоғары білікті ғылыми кадрларды даярлаумен танымал болған қауымдастық.
Біздің университеттің ғылыми мектептері ғылымның әртүрлі салаларын қамтиды және ғылым мен білім беру саласындағы өзекті мәселелерді зерделеуге бағытталған, мысалы, Ыбырайымжанов Қалибек Тұрдығазыұлының жетекшілігімен «Болашақ мұғалімдерді даярлаудың ғылыми әдістемесін дамыту және қазақстандық білім беру тарихының тәжірибесі мен теориясын жүйелеу» ғылыми мектебі болашақ мұғалімдерді даярлаудың қазіргі заманғы теориясы мен әдістемесін зерделеуге және жасауға, сондай-ақ болашақ мұғалімдерді даярлаудың қазақстандық білім беру жүйесінің тарихи-практикалық және теориялық негізін дамытуға бағытталған.
Майлыбаева Гүлмира Сабыровнаның жетекшілігімен «Бастауыш сынып оқушыларында ұлттық құндылықтарды қалыптастыру жолдары» ғылыми мектебі бастауыш сынып оқушыларында ұлттық құндылықтарды қалыптастыру жолдарын теориялық зерттеуге, жеке тұлғаны қалыптастырудағы оқу процесінің рөлін анықтауға бағытталған.
Нұрғабыл Дүйсебек Нұрғабылұлы мен Сеитова Сабыркүл Макашевна жетекшілік ететін «ЭЫДҰ бағдарламалық тұжырымдамасы контекстінде оқушылар мен ЖОО студенттерін математикаға оқыту әдістерін әзірлеу және модификациялау» ғылыми мектебі ЭЫДҰ бағдарламалық тұжырымдамасы контекстінде орта математикалық білім берудің тұжырымдамалық мазмұнын әзірлеумен, оқушыларды математикаға оқыту әдістерін әзірлеумен айналысады.
Имангазинов Мұратбек Мүбыракхановичтың жетекшілігімен «Тағылым» ғылыми мектебі Ілияс Жансүгіров мектебінің шығармашылығын зерделеуге және оны жалғастыруға бағытталған.
Ғылыми мектептің негізгі функциялары мен көрсеткіштерінің бірі – ғалым-оқытушыларды даярлау. Ыбырайымжанов Қалибек Тұрдығазыұлының басшылығымен 6 Ph.D докторы дайындалды, Майлыбаева Гүлмира Сабыровнаның жетекшілігімен 2 Ph.D докторы дайындалды, Нұрғабыл Дүйсебек Нұрғабылұлы мен Сеитова Сабыркүл Макашевнаның жетекшілігімен 3 PhD докторы дайындалды, Имангазинов Мұратбек Мүбыракхановичтың жетекшілігімен 5 Ph. D докторы дайындалды.
