В Жетысуском университете им. И. Жансугурова на сегодняшний момент существуют 4 научные школы. Научная школа – это научное сообщество ученых разных статусов и компетенций, формирующееся на основе приверженности теориям, идеям авторитетного руководителя в определенной дисциплине. Это сообщество завоевавшее известность высоким уровнем исследований в конкретной научной области, своей научной репутацией, подготовкой научных кадров высокой квалификации.
Научные школы нашего университета охватывают разные области науки и направлены на изучение актуальных проблем в области науки и образования, например научная школа «Развитие научной методики подготовки будущих учителей и систематизация опыта и теории истории Казахстанского образования» под руководством Ыбыраимжанова Калибека Турдығазыұлы направлена на изучение и создание современной теории и методики подготовки будущих учителей, а так же на развитие историко-практической и теоретической основы казахстанской системы образования.
Научная школа «Пути формирования национальных ценностей у младших школьников» под руководством Майлыбаевой Гульмиры Сабыровны направлена на теоретическое изучение путей формирования национальных ценностей у младших школьников, определение роли учебно-воспитательного процесса в формировании личности.
Научная школа «Разработка и модификация методов обучения математике школьников и студентов вузов в контексте программной концепции ОЭСР» под руководством Нұрғабыла Дүйсебека Нұрғабылұлы и Сеитовой Сабыркуль Макашевны занимается разработкой концептуального содержания среднего математического образования в контексте программной концепции ОЭСР, разработкой методов обучения математике школьников.
Научная школа «Тағылым» под руководством Имангазинова Мұратбека Мүбыракхановича направлена на изучение творчества и продолжение школы Ильяса Жансугурова.
Одной из основных функций и показателем работы научной школы является подготовка ученых-преподавателей. Так под руководством Ыбыраимжанова Калибека Тұрдығазыұлы были подготовлены 6 докторов Ph.D, под руководством Майлыбаевой Гульмиры Сабыровны были подготовлены 2 доктора Ph.D, под руководством Сеитовой Сабыркуль Макашевны и Нургабыла Дүйсебека Нұрғабылұлы были подготовлены 3 доктора Ph.D, под руководством Имангазинова Мұратбека Мүбыракхановича были подготовлены 5 доктора Ph.D.